この世界には電霊というものがいる。文字通り、電車の霊である。主人公水瀬　霊核は電霊の核をつぶすという、いわばチート的な能力を持っていた。電霊狩りの能力を持ったという女子高校生がいると知らされ、その高校に入学したのだが、その女子高校生とともに異世界へと飛ばされてしまう。霊核はその世界で電霊狩りの能力を持って、無双していく。

　──陰陽師をクビになったけど、オレには座敷童子がついているので余裕です。 　座敷童子に憑いた呪いを解く代償に霊力の大半を失った無明は、陰陽師をクビになった挙句に命を狙われてしまう。苦戦を強いられる彼を救ったのは、座敷童子が咄嗟に発動させた“幸運”の権能だった。 　幸運の権能に救われた無明は、失った力の回復のために迷宮の秘宝“神霊核”を求め、座敷童子のハルと共に迷宮を進む。 　迷宮には高値で取引される“氷精石”や魔力を封じ込めた“龍涎香”など、陰陽師垂涎の希少素材が次々と見つかる。さらには“百鬼の鎖”や古代の英霊が使ったとされる“陰陽符の巻物”といった秘宝まで——。 「むみょー、キラキラがいっぱいおちてる」 「……普通、こんなに手に入らないのだがな」 　だが、座敷童子の“幸運”も一筋縄ではいかない。 「──なあ、なにかとんでもない唸り声が響いてないか？」 「むみょー、いっぱい来た」 「！？」 　突如として姿を現す魔物の群れ。 　座敷童子の幸運“災い転じて福となす”は莫大な財宝を呼び寄せる一方で、強大なモンスターまでも呼び寄せてしまうのだ。 　果たして無明は、大迷宮の秘宝を手にして失われた力を取り戻すことができるのか——？それとも、刻一刻と迫る魔物の大群に飲み込まれてしまうのか？ 　幸運と危険が入り乱れる迷宮を舞台に、かつて最強だった陰陽師と座敷童子の奇妙な冒険が今、幕を開ける。

突然全世界にダンジョンが出現して七年半が過ぎた。 ダンジョンは全てインスタンスダンジョンで、一度に入れる人数でＡ級からＦ級に分けられた。 出現から四年後、人類の限界を補うように特定モンスターの霊核で獣頭人身の戦闘用分身「アヴァターラ」が得られるようになったのだが、まだＢ級のボスさえ倒されていなかった。 ダンジョン出現後の混乱期に両親を失った中学生早瀬高志は、ダンジョン採掘者を養成する高等専門学校を受験したが落ちてしまい、補欠入学を目指して最弱のＦ級ダンジョンで修行をしている時に、最弱のアヴァターラになる忍び猫を倒す。

この世に存在する『霊』。人の悪しき心を取り込み続け、異形の存在へと進化した『妖怪』。そして、妖怪と人間の間に生まれた『半妖』。人間を襲い、危害を加えるといった悪事を行うそれらを祓うことを専門とするエクソシスト。両者は一見平和に暮らしているように見えたが、その実長い争いを繰り返していた。そんな中、『霊核剥離』として絶大な力を持ち、人にして人ならざる存在として生まれて来た主人公『天ヶ咲　桜華』。そんな彼が出会った霊である一人の女の子『ユエラ』。―――「君、誰？」　「…ユ、ユエラ」　「一緒に遊ばない？」　「…いい、の？」　「もちろん」―――その出会いが全ての始まりを告げ、そして桜華は、過酷な運命を背負う事に・・・。　　　※2013/6/23　あらすじを少し書きなおしました。

「陰と陽」世には二つの現実が存在する。 陽とは物質であり、光。つまりは私たち人が暮す表の姿　対して陰とは神秘であり霊的、闇。霊や異形の者が彷徨う、現代では殆ど忘れられてしまった裏の姿である。 時の流れ　時代の変化と共に失われてしまった不思議な力　それらを受継ぐ者は今は少なく、信じる者も数少なく・・・ 物質世界に生きながらえ、裏世界をもみる者たち　それは世界の真実をみるのに他ならない これは、そんな世界を歩む者達の物語である