どこでもない場所に存在する、誰にも知られることのない、エセクタ魔法魔術学院。 小さくかわいい 風と水の魔法使い オリヴィアは、学院の新入生だ。 賢き南の魔女アガサ・ボナム＝カーターの愛娘であるため、皆の期待を一身に受けるものの、彼女は、最初の実習で、劣等生のレッテルを貼られてしまう。 そんなオリヴィアのことを治癒の魔法使いフローレン・ナイチ先生だけは、評価してくれていた。 しかし、オリヴィアには、誰にも話すことのできない秘密が存在する。 友人のケイシーにも、ナイチ先生にも、そして気になる男の子ヨークにも話すことはできない つらい毎日。 秘密を抱えることに苦痛を感じるオリヴィアは・・・