世界一治安が良く様々なジャンルに精通するオタクが存在し、現実離れした出来事が起こったとしても、さほど気にはせず全てを受け入れる寛容な国、日本。 そんな日本には、魔女狩りから逃げてきた本物の魔女たちが住んでおり、国から公認された「魔女」として魔法の力を行使し、街に突然現れる魔物と戦う任務を負う。また、地域貢献として「魔女のタクシー」を運営している。 空を飛んでお客様や荷物を運ぶ彼女たちの姿は、日常の一部として人々に受け入れられていた。 そんな中、花咲 千春という女性が「魔女のタクシー」に入社する。これまで魔法を使えるのは魔女だけだったが、千春は一般人から、世界で初めて「魔女」社員となり、風を操る訓練を受けつつ荷物の運搬を担当する。しかし、彼女は魔法に不慣れで、何度も失敗を繰り返し、厳格なババアから叱責される日々が続く。 そんな時、あるテレビ番組の取材で千春が紹介され、思わぬ形で有名になってまった事で、魔法に憧れる人々が彼女に興味を持つ一方で、魔女の秘密を暴こうとする者たちも現れ始め、千春は疑念と陰謀の渦に巻き込まれていく。 千春は、人々から良き人物に見られるよう仕事を頑張るが、失敗ばかりしてしまい社内で「無能な働き者」と言われる様になり、自信を失いかける。 やがて、彼女が偶然手に入れた古い魔導書を巡り、魔女狩りとの対立が激化。危機に陥った千春は、謎の魔女と出会い、自分が実は魔女ではなく、長い間封印されていた断罪の魔女を解放するための宿木であり、「鍵」であるという衝撃的な真実を知る。 自分の存在意義に苦しむ千春は、人々の欲望と裏切りを目の当たりにし、この世界に絶望する。やがて彼女の中で眠っていた闇の魔法が解放され、断罪の魔女を目覚めさせてしまう。その魔女は周囲を破壊するほどの力を解き放ち、魔女たちは彼女を止めようとするも、その圧倒的な力に屈する その闇の力を目にしたある魔女は、力を我が物とし世界を破壊していく。そんな時、千春の前に現れた亡き親友の幻影が彼女に新たな光の力を受け渡し、彼女は闇と光の両方の力を持つ存在となり、その力で断罪の魔女を倒し世界に平和をもたらしたが、その代償として全ての魔法がこの世から消えてしまう 失われた世界に別れを告げた千春は、断罪の魔女の真の想いを知り、再び「魔女のタクシー」を立ち上げる決意を固め、人々の暮らしを支えるための新たな一歩を踏み出す