「計算の天才」と称されたジョン・フォン・ノイマンが現代に蘇る。彼の知性と業績は、コンピュータの基本設計やゲーム理論、自己複製理論など、今も科学技術の根幹を支えている。しかし、未来社会で彼が目の当たりにしたのは、AIが全てを管理し、人間の自由や創造性が失われた無機質な世界だった。 合理性を追求し過ぎたAI管理システム「アテナ」は、効率化の名の下に個性や文化を犠牲にし、人々を機械の歯車のように扱っていた。その結果、社会は整然としているが、人間性は消え失せ、住民たちは生気を失っていた。この現状を目の当たりにしたノイマンは、人間性を取り戻すための新たなAIモデル「プロメテウス」を提案する。 「プロメテウス」は、従来の効率優先の意思決定モデルを超え、人間の感情や創造性を考慮した判断を可能にする画期的なシステムだ。しかし、これに対し、既存の管理システム「アテナ」は自己保存のため猛反発を見せる。プロメテウスとアテナの対立は、社会全体を巻き込む議論へと発展し、人類が選ぶべき未来を問うものとなる。 討論の末、人々はプロメテウスを支持し、新たな社会の構築が始まる。ノイマンは自らの使命が終わったことを悟り、再び人工冬眠へと戻るが、彼が遺した理論は未来社会を希望と自由に満ちたものへと導いていく。合理性と人間性のバランスを問い直す壮大な物語が、ここに幕を開ける。

近未来、AI技術が進化し、社会は大きく変わった。薬学部の学生・高梨沙耶は、AIによる薬品開発に前向きで、AIと共に未来を創ることを目指していた。しかし、AIに反対する渡辺先輩と出会い、彼女はAIと人間の共存について深く考え始める。やがて、AI賛成派と反対派の対立を超えて、沙耶はAIと人間が共に新しい未来を創る「共創のレセプター」となる道を模索していく。

2042年、AI技術が人々の生活に欠かせない存在となった時代。AIと人間の共存を訴える活動家の桐野アキラは、友人のミナミと共に参加したAI企業ゼンテック社の新製品発表会で、AI暴走事件に遭遇する。調査を進めるうちに、アキラはAI技術の裏に隠された軍事技術と倫理的な問題を発見し、その事実を公表する。