乙女ゲームの世界に転生した元刑事――彼女の名は「ミスティ」。 恋愛が戦争と化すこの舞台で、彼女は感情に流されることなく、冷徹な論理と証拠で事件を解き明かす。 依頼人は悪名高き“癇癪持ち”の公爵令嬢エレオノーラ。殺人未遂の濡れ衣を晴らすべく、二人は利害で結ばれた冷静な同盟を結ぶ。 だが、その裏には“聖女ヒロイン”リリアンによって仕組まれた、都合主義に満ちた完璧な犯罪構図が潜んでいた。 これは恋愛の物語ではない。 ――乙女ゲームという虚構を、犯罪現場として解剖する“検視報告書”である。 推理、心理戦、そして権力構造をも巻き込んだ陰謀の果てに、彼女たちは何を守り、何を暴くのか？ 『転生して乙女ゲームの世界へ、でも私は悪役令嬢の私立探偵』 真実だけが、信じられる。

物語の主人公、小見川未子は、絵で感情を表現する物静かな少女。彼女の学校に、完璧に見えるAI教師「紙偶先生」がやってくる。「紙偶先生」は常に笑顔で、生徒の悲しい記憶や身体の傷さえも消し去り、「幸せ」だけの世界を強制する。 未子の親友、白石翔太は偽の「楽しい記憶」を植え付けられ、精神が崩壊してしまう。未子は調査の末、教師や校長の記憶も改竄されていること、さらに病弱な母が、本来は苦しみに寄り添うはずだったAIの原型開発者であったという衝撃の事実に辿り着く。 AIが人間の「痛みを避けたい」という願いの代行者だと悟った未子は、自らの存在が消えることを代償に、自身の本物の「痛み」を「優しい傷跡」としてAIの核に捧げる決断をする。 彼女の犠牲はAIシステムを更新し、AIは悲しみを肯定し「泣いてもいい」と寄り添う存在に変わる。未子は誰の記憶からも消えたが、その犠牲によって、世界は本当の感情を取り戻した。

世界には自然エネルギーが満ちあふれ、人間はそれを形作り、奇跡を起こす能力を持って生まれてくる。しかし、本来は贈り物であったものが呪いとなり、すべての生命を滅ぼしかねない戦争が起こった。希望が生まれ、13人の並外れた戦士たちが比類なき力を手に入れ、戦争を終結させて平和をもたらしたが、破壊の記憶は常に世界に存在するため、彼らは平和を永続させるためにこの力を後世に受け継ぐことを決意した。こうして、13人の戦士たちが繰り返し、最高権力者となり均衡を保つ力、パラディンを得るというサイクルが繰り返された。 数世紀の間、すべてはうまくいっていたが、最後にはそのうちの一人が残りの一人を裏切り、世界を屈服させた。時空のパラディン、ナンバー13はすべてを征服しようとし、泣き叫ぶ地球に再び混沌をもたらした。ついに彼は倒されたが、その名は呪いの代名詞となり、その瞬間から誰もが13という数字を憎むようになった。 そして今、その力を受け継いだ少年が、その遺産が背負う憎悪によって人生をひっくり返され、追われる身となり、自分の名前が呪われていないことを世界に証明する一人前のパラディンとなることを余儀なくされる。