20XX年、少子高齢化が末期に達し、人口が爆発的に減少した一方で、何千万人に昇る難民受け入れにより、かつてない食糧難に陥ってしまった日本。そんな中、巨大隕石が地球に衝突し、東京の街が壊滅した。只でさえ国家転覆の危機に陥っていた日本に追い討ちをかけるように、隕石が残した爪痕は大きく、復旧も儘ならない。さらに隕石の衝突から一週間後、突如地面から涌き出た液体がシャボン玉のように膨らみ、旧都市「トウキョウ」を包み込む謎の膜を形成した。膜のなかに取り残された人々の安否は不明。政府は隕石や膜の謎の究明を急ぎ、１億円の前報酬を餌に、千人の義勇調査隊を編成し、彼らを膜の中、通称「ユリカゴ」に送り出す計画を立てた。残念ながら、ユリカゴまで電波を届ける手段はない。そこで調査の期限を一ヶ月とし、一ヶ月後にゲートに帰還した者だけを膜の外に出すと決め、隕石の衝突から一年後、ようやく「第一回ユリカゴ調査」に乗り出した。一ヶ月後の再会を誓い合い、出発した調査隊も帰ってきたのは一名のみ。瀕死状態だった彼の最期の一週間に告げられた、ユリカゴ内部の情報を元に、第二回、第三回と調査は行われ、五十年後の21XX年。第十二回目のユリカゴ調査が決行された。前例通り多くの犠牲者を出したものの、今回帰還できたのは過去最多の十三名。なぜ彼らが帰還できたのか、そもそも膜の中、ユリカゴには何が潜んでいるのか。この物語は、調査隊に居たとある少年の日記を元に書いたものである。