桜花カフェでチョコレート・メテオ・ケーキが爆発し、ハナの笑顔が響く中、新たなミッションが下る。最終次元「クロノ・エターニティ」では、時間と空間が混ざり合い、エクリプスの最終兵器「クロノ・オリジン」が全存在を脅かす。ハナ、ユキ、ミオは宇宙服に身を包み、時空の迷宮で戦う。少女から託された「起源の鍵」が示す真実、ルナの冷酷な過去、レイラとの融合がハナを試す。時間ブレードとプラズマキャノンが火花を散らし、家族の記憶がミオを揺らす。ユキとカエデの絆が修復され、クロノ・オリジンの暴走を止める戦いが幕を開ける。時間逆行でリセットされたカフェに戻り、新たな「次元ゼロ」の声が響く

桜花カフェのハナ、ユキ、ミオは、別次元からの依頼を受けて戦う秘密組織SAKURAのエージェント。夕陽が差し込むカフェで、クリームまみれのドタバタを繰り広げるハナが、モンブラン爆弾で客を笑顔に。だが、モニターに映るサクラコの冷たい言葉が、桜次元での最終決戦を告げる。ハナの血を求めるサクラコ、彼女の分身レイラ、元仲間カエデが立ちはだかる。メイド服で突入した桜次元の崩壊した街で、ロケットランチャーやガトリングが火を噴き、桜吹雪が血に染まる。3年前の次元崩壊の真相、ハナとミオの家族の過去、ユキとカエデの絆が明らかに。笑いと爆発の先に、SAKURAの絆はサクラコの野望を打ち砕けるのか？ 時間逆行の果て、新たな依頼がハナたちを待つ

カオス・ヴェルムとの戦いから一週間。瀬戸カイトは次元を追って消え、林谷市は新たな危機に瀕する。時間と空間を喰らうエンティティ「エクリプス・ノヴァ」が降下し、街を崩壊させる。AETHERの林サラと田中ユウキは、カイトの帰還を信じ戦うが、副司令・水野晶の裏切りが明らかに。ヴェクター・パルスとして帰還したカイトは、ノヴァの真意と敵組織「クロノス」の陰謀に立ち向かう。次元の波動で運命を切り開く物語の第二幕。

桜花カフェの陽気なウェイトレス、ハナは、仲間ユキとミオと共に次元移動装置「シフトコア」でネオ・トーキョーへ。時間軸崩壊を企むエクリプスと、そのリーダー・レイラに立ち向かう。ハナの家族の死の真相と、レイラの「もう一人の自分」という言葉に揺れる中、ミオの裏切りとサクラコの暗躍が明らかに。ビキニ姿でのドタバタ戦闘とケーキ爆弾のギャグが炸裂するが、物語は一転、家族と絆の深い傷をえぐるシリアスへ。ハナの愛と勇気、ユキの頭脳、ミオの覚悟が、桜の海で 決戦に挑む！