中国が台湾へ進攻し、世界は第三次世界大戦へ突入。核戦争寸前で終結した。 米国を中心とする西側陣営と中国を中心とする東側陣営での溝はより深くなり、関係は最悪。いつ四度目の大戦が始まってもおかしくない状況である。 西側陣営に所属する日本は戦後のデジタル改革――令和維新の一環で全自動飛行車や自律型固定翼ドローンを導入し、電脳化が普及するなど、デジタル先進国に生まれ変わっていた。 ヨーロッパ系日本人のローガンは、戦後のインテリジェンス改革に伴って創設された日本の諜報機関――国家通信情報局（ＮＣＡ）の特殊任務部隊に所属している。 二〇四〇年八月三一日。日本のシステムの至る所にマルウェアが見つかる。それはロシアによる大規模サイバー攻撃の前兆だった。ローガンとＮＣＡ職員は除去に動き出す。 しかし、この時既に新型兵器が日本を蝕んでいることに、誰も気づいていないのだった。