２００８年４月。一年前に弟を亡くした主人公【井上和弘】は、所属する高校の研究会【桜花奇譚研究会】の会長である【水無瀬小夜】より、この辺りの七不思議とその一つである「巨大な男が気に入った子供を連れ去ってしまう」という「ハルカミサマ」の噂を聞く。興味を持った和弘は、友人である【ライライ】や同じく七不思議を追っている少女【有村志穂】と共に七不思議の調査に軽い気持ちで乗り出した。しかし噂のある裏山の麓にて４人は実際に【ハルカミサマ】が子供を連れ去る場面に遭遇してしまう。連れ去られた子供を助けるため、連れ去られた子供が失われた弟の遺品を身に着けていた理由を確かめるため、桜花奇譚研究会は七不思議へと挑む。