第三次世界大戦の終結から三年。 　 　民間軍事会社の経営する高校である中央軍事学院へ通う篠塚夏彦は、先の大戦において戦術生体兵器として多大な軍功をあげ、英雄とまで称えられた古参兵だったが、敬愛する上官を失った事実を未だ乗り越えることができずにいた。 　そんなある日、夏彦は妹の運転するバイクで帰宅中に、自身の学校を経営する民間軍事会社の護送車列が襲撃を受けている現場に遭遇する。 　援護のため現場へ飛び込んだ夏彦であったが、その護送車列が守っていたものを知り驚愕する。 　それは、敬愛する上官を失う原因となった作戦を共に戦い、その後上官と共に死んだと思われていた少女。 　意思を持った核弾頭――戦略生体兵器『さくら』だった。