地球に難民として移住した異星人。その協力で人型兵器“ＳＶ（サーヴァント）”が開発され、存在する世界。 時が経ち、異星人と地球人が戦争を繰り広げるようになったなか、両人種の友好的な共存を図り続ける中立都市があった。 エイリーシティ。 元地球統一軍ＳＶパイロットの地球人アルカムは、過去に身につけた技術を活かし、エイリーシティでＳＶを使用する治安維持の任務に就いていた。 また、彼は異星人で記憶喪失の少女ミリィと、二年近い共同生活を経て、親しく想い合うようになっていた。 やがて、異星人のＳＶが都市に襲ってきたのをきっかけとして、アルカムの過去が明かされ、ミリィは失われた記憶を取り戻す。 この瞬間から、二人の関係は劇的に変化していく。