人類の勝利とはつまり、絶滅を意味する―― 宇宙にまで根差していた人類の繁栄は、突如として世界そのものに『拒絶』されることで終止符が打たれる。そこから長きに渡る混沌と悲劇を経て、現在。人類絶滅の危機こそ回避したものの、なおも勝利することのできない抵抗を続けていた。少年ファルステール・クヴィンデクドリは、世界そのものに抗う人型兵器〈魔法少女(マギスティーノ)〉の操縦士なども育成する学園の邀撃科に通っていた。そんなある日、不思議（というか変）な少女チェーロ・オクデクセスと出会う。その転校生との出会い、そして〈魔法少女ノクタラメント〉の召喚は、彼らだけでなく親友のヴェント。恋心を抱いている少女ルノなどを巻き込み、望まずとも数多の運命を大きく変えることとなる。