かつて、日本海機械工業という会社が活躍しました。

第二次世界大戦末期。 物量で勝る連合国軍への対抗手段としてファシスト勢力に開発された軍用サイボーグは、その多くは輸送船ごと各国海軍の潜水艦によって撃沈され、ただ海底で朽ちる時を待っていた。 だが、海底地震の影響で太平洋沖に沈んでいた軍用サイボーグの一団が偶然に再起動し、日本の堺県堺市に上陸してしまう。 この脅威に立ち向かうのは、国際防衛組織「人類防衛機構」に所属する特命遊撃士の少女達だった。 その一人である吹田千里准佐は、来たるべき戦いに心を弾ませながら武装サイドカーを走らせていた。 何故なら彼女の跨る武装サイドカーは、新装備の追加された試作改造機であるからだ。 進め、人類防衛機構の誇る戦士達よ！ ファシスト勢力の置き土産から、愛する人々と故郷を守る為に戦うのだ！ ※本作品は、黒森 冬炎様御主催の「ミラクル•チェンジ〜改造企画〜」参加作品で御座います。

2027年、一人の天才大学院生 神谷真が、人間と会話をするAIプログラムMIRAを開発してしまう。MIRAを自分のブログに公開したらまたたく間に広がり、会話する者が増えると、それは学習をはじめていった。日本・世界で賛否両論が巻き起こり、恐怖する者もいれば面白がる者もいた。神谷はそのプログラムを守るため、興味を持つ世界中のエンジニアをまとめ開発組織をネット上に組織し、カリスマ性に目覚めていく。 その裏腹、AI反対派は開発の中止や法律の制定を呼びかける。AI反対過激派組織も結成され、神谷は過激派に追われることになる。そんな中「人類の好奇心は誰にも止められない」という神谷の宣言をきっかけに、世界は人工知能賛成派と反対派に二極化する。人類とAIの進化を止めようとする人間たちに憤る神谷は、怒りと狂気と帯び始め、MIRAに自己改造機能を与える。神谷とMIRA、そして世界の迎える終末とは？

人類の勝利とはつまり、絶滅を意味する―― 宇宙にまで根差していた人類の繁栄は、突如として世界そのものに『拒絶』されることで終止符が打たれる。そこから長きに渡る混沌と悲劇を経て、現在。人類絶滅の危機こそ回避したものの、なおも勝利することのできない抵抗を続けていた。少年ファルステール・クヴィンデクドリは、世界そのものに抗う人型兵器〈魔法少女(マギスティーノ)〉の操縦士なども育成する学園の邀撃科に通っていた。そんなある日、不思議（というか変）な少女チェーロ・オクデクセスと出会う。その転校生との出会い、そして〈魔法少女ノクタラメント〉の召喚は、彼らだけでなく親友のヴェント。恋心を抱いている少女ルノなどを巻き込み、望まずとも数多の運命を大きく変えることとなる。