第二次世界大戦末期。 物量で勝る連合国軍への対抗手段としてファシスト勢力に開発された軍用サイボーグは、その多くは輸送船ごと各国海軍の潜水艦によって撃沈され、ただ海底で朽ちる時を待っていた。 だが、海底地震の影響で太平洋沖に沈んでいた軍用サイボーグの一団が偶然に再起動し、日本の堺県堺市に上陸してしまう。 この脅威に立ち向かうのは、国際防衛組織「人類防衛機構」に所属する特命遊撃士の少女達だった。 その一人である吹田千里准佐は、来たるべき戦いに心を弾ませながら武装サイドカーを走らせていた。 何故なら彼女の跨る武装サイドカーは、新装備の追加された試作改造機であるからだ。 進め、人類防衛機構の誇る戦士達よ！ ファシスト勢力の置き土産から、愛する人々と故郷を守る為に戦うのだ！ ※本作品は、黒森 冬炎様御主催の「ミラクル•チェンジ〜改造企画〜」参加作品で御座います。

帝国暦3861年、領土拡大を賭けたユークライン王国とバルクール帝国の戦争は、帝国側の勝利に終わる。 王国を滅ぼし、領土をさらに広げた帝国は、更に豊かさを増して行った。 帝都レヴナンは帝国一の巨大都市。帝国の中心部に位置する、活気のある街だった。 しかし終戦から二年後、帝都レヴナンは突如平和な街から一変する。 平和な街に現れた巨大組織。巨大な街一つ支配する力を持った組織。 彼らは一夜にしてバルクールの王族の多くを殺し、僅かな生き残りを帝国の隅に追いやった。 その組織の名は、“グランドール・ファミリー”。 帝都は無法の街となる。平和とは無縁の、荒廃した街に。 帝国は街を取り戻そうと兵を送り込む。しかし彼らには歯が立たなかった。やがて帝国はその街を放棄する。 そこは“棄てられた街”と呼ばれるようになった。集まる人間は無法者ばかり。ますます街は荒れて、グランドールの勢力も拡大していく。 人は言う。そこは戦争の負の遺産であると。 憎しみから生まれた、哀しき街であると。 そんな街でも、人々は健気に生きている。 便利屋をしているネウロは、知り合いからレヴナンに行くように依頼を受ける。その街で生きる人々との出会いと、支配する者たちとの戦いの物語。

貴族の住む街を取り囲む壁の裏側、そこにはどこまでも果てしなく続くスラム街があった。 そこに建てられた研究施設から、一人の少年が脱走した。少年は喧噪渦巻く貴族の街へ逃げ込むと、一人の女性に助けを求めた。稀代の武器商人と言われたクラウツ卿の孫娘であるファミリア・クリスロード・ラ・クラウツ・ジェーンに。 彼女は融合児(ハロルド)と言われる５０年前の戦争の負の遺産と共に暮らしていた。自らも武器であると称する彼女に導かれるまま、少年はかつて自分が捕らえられていた研究施設へ妹を助けに向かうのであった。

異世界から来た侵略者達によって変わってしまった地球。それはここ日本でも例外では無く、新しく地球人が目覚めた力で対抗手段である魔法剣士を育成する学校、国立魔法剣士育成学校も入学式を終えて本格的な日々が始まろうとしていた。課外演習中、主人公真助は戦争の負の遺産を見つけてしまう。それから真助の周りが騒がしくなり始め……。