舞台は近未来の日本。富士山の大噴火と東南海大震災で荒廃した日本は復興も未だ道半ばで多くの国連軍が駐留。また地球温暖化の影響でスーパー台風が猛威を振るっていた。 　主人公は大手電機メーカー「大芝エレクトロニクス」のパソコンショールーム「テクノセンタ秋葉原」に勤務する笹島健治。普段はお客様に対する技術相談を行うヘルプデスク業務に従事しているが、極秘任務として「特殊対応」も後輩の金田　浩とふたりで担当していた。特殊対応とは会社と利害関係のある政界や経済界の重要人物、あるいは暴力団などの反社会勢力に対するパソコンの技術対応のことで、その指示はすべてトップである清水会長から直々に来ることになっていた。 　ある日、暴力団「五蝶会」の幹部である権常に対する特殊対応を行うことになった笹島と金田は大阪のカジノまで行き、故障しているパソコンを修理を理由に回収しようとしたが、命を狙われることになってしまう。

世界を恐怖に陥れる異形の生物『暴走種（ラーゼン）』に対抗すべく、世界は対策本部を設立した。 だがそれは数年後、図らずともその内で育て上げた一人の男『エアハルト・バッシュヒルデ』の謀反と共に、彼が独自に設立した『対ラーゼン特殊対応機関』でラーゼンの殲滅を完了する。 作戦を共にしていた男『イチタカ・ハギハラ』は仲間と共に殺害され――それを機に、対策本部によって特殊な施術を行われる。 感情のままに身に纏われる装甲。『特装』の一言により、それはイチタカの中で燃える正義を体現させる武装を、彼は新たに手に入れた。 それから数ヶ月、全てを殺し殺され、戦友であり上官であったエアハルトを追い詰めた彼だったが――。 最初から最終決戦。 英雄の名を手放した男たちの、終わりと始まりの物語。