ヒトはその誕生当初から平和的な種族だった。彼らの一部はいつしか太陽信仰に目覚め、極東の日本へとたどり着いた。 　縄文時代は太陽と自然を崇め、祖先を身近に感じながら暮らしていたが、弥生時代に死者を不浄とみなす価値観が持ち込まれる。 　これをもちこんだのはユダヤ人だと考えられ、現在の日本にもその痕跡が残る。そして弥生時代には、戦乱が増えていく。 　二世紀、関東にあるアマテラスの国に出雲のスサノオ王が訪れる。表向きは和平の申し込みだが、スサノオの振る舞いは傍若無人であり、アマテラスの孫ニニギを人質としてもらい受けたいという意図が垣間見える。そこでアマテラスはニニギを出雲まで送るように見せかけ、同盟国であった南九州の狗奴(くな)国に逃がした。 　狗奴国で生まれたニニギの曾孫イワレビコは、ある日まつろわぬ民の少女ハルノと出会う。彼女の正体は邪馬台国の女王、日巫女(ひみこ)の後継者だった。とある事件がきっかけで、二人は邪馬台国で再会する。イワレビコはハルノに夢を明かす。それは日本古来の自然崇拝、ユダヤ教、道教を統合する新たな宗教「神道」を創設し、大和の地で天下を治める王となることだった。 　それから七年が過ぎ、イワレビコの天下取り、いわゆる神武東征が始まった。大分県の宇佐でイワレビコはハルノと再会し、結ばれる。その後、出雲へと向かい、武力をもって主王の大国主と副王の事代主に出雲の国譲りを認めさせる。 　そして大和へと向かうが、強大なナガスネヒコ軍の抵抗により、長兄イツセを失う。イワレビコはハルノに使者を送るとともに、紀伊半島を南に回って熊野を目指すが、途中で残り二人の兄も失う。失意のイワレビコのもとに、タカクラジとヤタガラスが現れ、加勢することになった。そして長い旅路の末にナガスネヒコ軍と再戦する。 　イワレビコは日巫女に即位したハルノの占い通りの状況を作り出して相手の戦意を奪い、ナガスネヒコ軍に勝利する。ナガスネヒコの主君であるニギハヤヒは、ナガスネヒコを東北へと逃し、みずからはイワレビコに恭順する。 　こうしてイワレビコは初代天皇に即位した。やがてイワレビコは畝傍(うねび)に、ハルノは宇佐に埋葬される。その一方で二人の魂は分霊され、別の場所に合葬されたかもしれない。 　現在の神道は、縄文系の自然崇拝がユダヤ教を取りこんだように見える。そしてその祭祀王が天皇である。

　主人公「旗　典子」は、大学を卒業して中堅の出版社に就職が決まった。何故、教師にならずに出版社に就職したかと言うと、大学時代の友人釜本君の実家に行った時に、神社を運営している父親が見つけた「釜本本家古伝」という神代文字の古書を見せられた。それ以来、日本の神代文字やペトログリフに興味を覚えて夢中になって調べ始めると、次々と見知らぬ人間が周辺に現れるようになった。 ペトログリフ世界協会の日本支部長と偶然青森で知り合い、ますますのめり込んでいく。 大学時代の友人である釜本君との恋の行方はどうなるか？

　人間のコンピュータがマサルのホツマ文字を解読する。 その内容は不思議なバクテリアを開発した事にあった。それを猫に注射すると、知的能力が飛躍的に向上したのだ。マサルは物に取り憑かれたように数多くの猫にバクテリアを注射していった。 　その結果猫をカミとする世界平和教団の勢力が瞬く間に全世界に広がっていった。 そしてある日、リーダーのタマが人間の支配を宣言する。マサルはバクテリアの秘密をホツマ文字で書いて東海市の図書館に隠して、行方不明となった。 　バクテリアの秘密を知った時、猫に抑圧されていた人間の社会に衝撃が走る。この本にはバクテリアを無効にする方法が暗示されていた。しかし５００年前の知識なので、その解読は主人公のヒロシに委ねられた。ヒロシはアイと結婚する。 　バクテリアの秘密を解読するための、ヒロシは塔の中の我が家に戻った。しかし人間との共存を提案して、人間の社会にヒロシを送り込んだカミ（猫）によって人間のコンピュータが乗っ取られてしまう。 人間社会を形成する地下ホールはカミによって崩壊する。カミに抵抗する多くの人間が殺される。カミに降伏した人間は地上に出てカミの保護の下で生活する。 　ヒロシはバクテリアを開発するに必要な３つのエネルギーの内２つを、解明する。それをカミに提供する事でカミの信頼を得る。しかしヒロシは残る１つの塩に関するエネルギーについてはカミには話さなかった。 　再度、人間社会に戻ったヒロシは、アイとの結婚生活を送る。そして３つ目のエネルギーを無効にする方法を解明して、人間社会のリーダー達にそれを実行に移させた。 　３か月後、バクテリアの無効を確認するために、ヒロシはもう一度カミの世界に戻った。 バクテリアが１時的に無効になったことを知ったヒロシは、カミのリーダー、リシに囚われて隔離されてしまう。 　一方、人間社会では、カミから豊富な生活物資や機材の提供を受けていた。この事で、カミに対する敵愾心が失われていった。完全にカミの奴隷と化した人間は、カミに命じられて営々として銀色の超高層ビルの建設に勤しんでいた。 　しかしヒロシの妻アイは、ヒロシが殺されたと感じていた。彼女はバクテリアに関する秘密の全てを後世に伝えようとしていた。 　・・・塔の中では３か月の無効化の後、バクテリアに異変が起こっていた。カミのコンピュータも感知していなかった・・・