鎌倉時代末期、「菜河落(ながおち)」という小さい村で産声を上げた男の子。名は「栗田　草太」 後に天台宗の僧侶として村を護って行く。 そんな或る日、突如として武士に因って村は焼かれてしまう。村の御本尊の薬師瑠璃光如来から夢枕で御告げを受けていた御蔭で村人は誰一人欠ける事無く避難する事が出来た。 村が焼かれている中で再度、御本尊からの御告げで西に向って村人達を連れて逃げよと受けた。 四日逃げる事、空腹と疲労で此処までかと思われた時、空から星蓮船(せいれんせん)が降り立ち、村人達を乗せると今まで見た事も無い様な御馳走を振舞った。 尼僧が申すに争い無き地へ降ろすと申すが、物の怪多き処だと云う そうして降り立った地は後に幻想郷と呼ばれる場所だった。 其の頃は未だ幻想郷とは呼ばれぬ「博麗大結界」も無く、況してや「幻と実体の境界」すらも無かった時代である。 今日知られている人里では無く、山を一個隔てた、後に博麗大結界に含まれる「片品村(かたしなむら)」という所であった。 その村で主人公は元々住んでいた村人達から強い反発を受けていた。突然現れた人間を住まわす事は出来無いと…… 其の村人達と仲良くしようと試みる主人公は仲良くする事が出来るのであろうか？ 今日の幻想郷に深い関わりは無いが決して何も無かった訳では無いそんな物語。

　元賞金稼ぎの未来人が幻想入りしてから二ヶ月が経過している。 　四島小櫃というイレギュラーの存在以外に何の変わりもない、例年通りの夏。突如として人里上空に現れたのは、巨大な飛行物体だった。聖輦船すら遥かに超える威容を見せつけられて、一体誰が異変と思わないだろうか。 　しかし、やはり誰一人知らないのである。 　この『異変』が、ブン屋から幻想郷最速の座を奪ったとある妖怪の発明品披露に過ぎず。 　幻想郷どころか外の世界をも巻き込みかねない恐るべき陰謀に利用されようとしていることを…