一九〇五年。ロシア、バルチック艦隊との決戦を控える戦艦“三笠”の作戦室が、眩い光に包まれる。それが、全ての始まりだった――― 船巫女。それは、船の魂が、女性の姿を持った存在。人と同じように意志を持ち、人の世界で生きていく存在。 “三笠”を皮切りとして、世界中の船舶で船巫女が確認されるようになる。しかし、時代は人類史上初の世界大戦へと転がっていく。 まだ未熟な船巫女と人の関係は、大戦の中で多くの不幸を産んだ。それを繰り返さないために、船巫女と人は歩み寄って、よりよい世界への道を模索していく。 欧州大戦を乗り越え、船巫女と人が、お互いに生き方を探っていく中。世界は再び、戦争の時代を迎えようとしていた。 日本も例外ではなかった。迫る戦雲は、大陸と太平洋から、東洋の小国を飲み込まんとしていた。 条約型戦艦の最高傑作として生を受けた“駿河”にも、出撃命令が下る。 彼女らの向かう先。航路の終着点はいまだ見えず。上げた錨が、再び収まる日は来るのか。 激動の航海が始まった。