かつて栄華を誇った古代文明が滅び、魔術が衰退した世界。王都イグレシアの冒険者ギルドで、実戦経験豊富な傭兵レイア・ナラタは、高額報酬に惹かれ、若く傲慢な天才魔術師ルイス・アルバートの護衛を引き受ける。ルイスの目的は、古代文明の遺跡「沈黙の谷」に眠る、古代魔術の秘密を解き明かすこと。 理論先行で、実戦経験に乏しいルイスと、魔術を憎む過去を持つレイア。二人は、価値観も相容れず、反発しあう。しかし、遺跡の探索が進むにつれて、二人は、それぞれの持つ知識と力を認め合い、互いを信頼していくようになる。 遺跡の奥深くで、古代文明の防衛機構である魔術人形が起動し、二人は、否応なく、協力して戦うことになる。その過程で、ルイスは現代魔術と古代魔術を融合させた、新たな魔術を編み出し、レイアは、自身の中に眠る、古代戦士の血の力を覚醒させていく。 これは、過去の悲劇を乗り越え、それぞれの道で成長を遂げた二人が、未来へと続く、冒険の物語である。

日本でごく平凡に暮らしてた筈のサラリーマン、【涼風　鈴斗(すずかぜ　りんと)】。不慮の事故で命を落とした彼が目を覚ますと…そこは異世界。 見知らぬ世界で彼の第二の人生が始まるのだった。 ただし、美少女を模った魔術人形(ホムンクルス)の身体で。

ある日、突然この世を去った主人公『高槻 光牙』が、『黒乃 耀』になり、魔法や機械がある世界で波乱万丈な学園生活を送る！？

　私の物語というものは、世間一般からしたらそれは大した不幸のようで、その認識から逸れることもなく、私は、ただ暗鬱な日々を送っていました。しかし、周りが思っているほど、自らを哀れに思うことはありませんでした。物心ついた時には、そのような暮らしをしていましたし、何より私は孤独ではなかったのですから。

とある魔術師に門の守護者として産み出され、暇を持て余した魔術人形《ゴーレム》が、 同僚の鼠魔術師と共に世間話をしたり、ゲームで遊んだり、異世界からの侵略者と戦ったりするお話し。

傀儡師養成学校、エリダナ王立学院への留学がきまった忍野 社はひどく落ち込んでいた。留学先は希望の技工科ではなく、傀儡科。 　魔術人形の紫音との学院生活が始まる―。

魔術人形とは日々流れていく歴史の中で、その緩やかな時の流れの中で開発された、魔力で動く人形だ。そして、そんな人形を動かす傀儡師と呼ばれる者がいる。　　　アルフレッド王立学院。それは、傀儡師の卵の中でもエリートと呼ばれる人材を育成、輩出する場所。　　――そのアルフレッド王立学院に日本からの留学生、楠原雹耶(クスハラ ヒョウヤ)がやってきて、時は急速に流れ出す――。　　　　「俺、やっぱりお前のこと嫌いだぁ!」「そういった屁理屈で私をまた、置いていくのですか？　全く、本当に腐っていますね」