山伏が目視している目標に、神通力と護符（アムレット）を利用した誘導部品を取りつけた迫撃砲弾・航空爆弾が正確に命中する世界。後のレーザー誘導による精密誘導兵器の上位互換に当たった。1943年時点の大日本帝国は連合国相手に優勢を保っていたが、ドイツの戦況は思わしくない。もともと神仏分離令や廃仏毀釈を快く思っていない山伏の中でも、さらに朝敵藩とされた一派の一団を潜水艦でドイツに送りこむことになった。

比較宗教学を専攻する米国人大学院生マイケル・ジョンソンは、静岡市の浅間神社で行われる廿日会祭を見学中、意外な光景に出会う。黒い袈裟を着た若い修行僧たちが神社の境内で屋台のケバブを楽しんでいたのだ。地元の老人・田中との対話を通じ、マイケルは日本独特の宗教観に触れていく。神仏習合の伝統、そして明治時代の廃仏毀釈という断絶を経てもなお、日本人の中で神道と仏教が共存する不思議。臨済寺の住職との会話は、この宗教的共存がDNAのように日本人に受け継がれていることを示唆する。マイケルは、日本の成り立ちと大陸からの多様な文化の流入が、異なる宗教の共存を可能にし、西洋には理解しがたい「しなやか」な宗教観を育んだのだと悟る。政治による分断の試みを乗り越え、調和を求める日本人の精神は、海外から見れば異質だが、日本の歴史と文化の本質を映し出している。

明治になったまもないころ。できたばかりの内務省に秘密裏に妖怪鬼神気障専門の特別案件対策課ができた。仏門界と神道界の異能によるエキスパートの集団である。別称トッケン。 廃仏毀釈のまだ残るような時期。仏門界をなくそうとする一派に虐げられ寺嫌いになった風来僧侶、壇宮寺永世（だんぐうじえいせい）は、神道の相棒も持たず、ふらりと任務をこなしながら旅をする。

前作『処の境界』の続篇。 呪いの神社から始まった国主継承権復活。人形《ひとかた》に穢れを移し、呪いを掛けた者へと呪詛返しを行なったが、陰陽師、紫条 流の体には痣が残ったままだった。 それでも無事に高宮は国主の位を継いだが、父、流の痣が消えない事を危惧した蓮は、その経緯を羽矢と追い始める。 高宮の父親が継承権を失っていた事、神仏分離、廃仏毀釈、その流れの中で見えてきた氏族の存在。 そんな中、国主となった高宮から蓮に声が掛かった。 『前聖王の墓が掘り起こされました』 更に過去へと遡り、因縁めいた見えない存在を探る……。 そして、その存在が見えた時、互いの力の大きさを実感する事となる。 『総代とその力が同等だというのか……？』 それぞれが持つ、呪力、法力。 その全てを、たった一人が持っていた。 新たに現れたと思われる黒い存在は、目に見えない姿をずっと以前から現していた。 存在の抹消と、存続の為に移籍された存在。依たちは、その真相を突き止めていく。 残されたままの謎が、全て解き明かされる、解明篇。（前作『処の境界』を先にお読み頂けると、今作の謎に繋がります）

　水亀カウンセリングルームの代表カウンセラー水亀信乃は神社でアルバイトをしている。アルバイトをしていたある日のこと。魂の終わりを迎えようとしている一人の化物と出会う。その者は、百五十年ほど前になる廃仏毀釈の際には、かつて、円昌寺という寺の住職だった。 　「誰にでも悩みはある。神様も、化物も、人間も。」に登場する本当のクライアントであった猿の化物「円覚」とのカウンセリング談話。カウンセリング体験妖奇怪譚シリーズ第二弾。

奔放僧侶＋性悪陰陽師＋最弱主人公 舞台は仏教伝来から現代に至ってまでの時代融合した世界。 豊富な知識を持つ彩流 依は、国に属する正式な陰陽師の家系である、紫条 蓮と共に、蓮につく式神を求めてある山中に入った。その山は神と仏が併存する場所。険しい道を進み、頂上へと向かう中、依が足を滑らせ落下した。依の体を朽ちた木の幹が突き抜け、死を覚悟していたが、蓮の呪力で死を免れる。 依の体を突き抜けていたのは、その地に祀られた依代だった。 落ちた場所に覚えのある依は、蓮との出会いを思い出す。 『他の何よりも……誰よりも、依。お前がいい』 依と蓮が山に行ってから、少しずつも状況が変わっていく。 蓮の父親である総代が、ある仏の像を他の寺院に移していた。 仏の像を移した場所は、依と蓮と親交の深い、藤兼家の寺院だった。 蓮は自分のところから移された仏の像がなんだったかに気づくと、何が起こり始めているのかを察し、寺院の息子である藤兼 羽矢に協力を求める。 『冥府の番人、藤兼 羽矢。別名、死神。その門を開けてくれ』 死者の魂が閻王に裁かれる日、冥府に導いた魂が消えていた。羽矢は、魂が奪われている原因を察し、閻王に奈落への立ち入りの許可を得て依たちと共に河原に向かう。 河原の舟守は霊園で見掛けた神司だった。 依たちは、冥府から魂が消えたのは神司が関わっていると、神司の行方を探す。 辿り着いた神社の木には、釘を打ち込まれた人形《ひとかた》が無数にあった。 『ここは常夜……夜だけの神の場所。呪いの神社だ』 異変が起きる中、依は、自分という存在の感覚が薄れていくのを感じていた。 『眼《げん》、視覚に置き、耳《に》、聴覚に置き、鼻《び》、嗅覚に置き、舌《ぜつ》、味覚に置き、身《しん》、触覚に置き、意《い》、知覚に置く。我が器を処《しょ》とし、境界を定める』 存在を確認するような、呪文のような言葉。 全ての理由は、蓮と登った山に繋がっていた。 神仏判然令によって定められた神と仏の境界。 廃仏毀釈により、廃された寺。 『泣いていたんだ。たった一人で……そこにいたのが依なんだ』 この世の宿世。 死の果てに望むものは『神』か『仏』か。 その境界へと依たちは挑む。

　中央集権を目論む明治政府は、大規模な霊的技術の接収、霊能者の粛正を目的とした通称「呪（まじな）い屋処分」を断行した。 　後に「廃仏毀釈運動」の名で徹底偽装されたこの破壊工作の一部隊を指揮したのは、一瀬伝八。 　無敵の剣と称された元新撰組三番隊組長・斉藤一その人であった。 　僅かに斬り残した式神使いを、彼は追い続ける。

時は明治三十九年。淫祠邪教と迷信がこの国から廃滅されようとしていた時代。古より何かが祀られ続ける山に入り込んだ男は、そこで小さく奇妙な“神”を見た。

　冬の京都の町に、はるばる群馬県の高崎からある依頼を受けて盲目の巫女『布施美夜子』がやってきた。その依頼とは「伏見の稲荷社をお護りすること」。 　明治の廃仏毀釈運動によって伏見稲荷から取り払われた『愛染寺』。それは職能集団の手によって上野の国高崎まで運ばれて、再び立て直されていた。美夜子はそこから派遣された『祓い巫女』であった。 　同じ頃、武蔵国国立にはもうじき高校を卒業する『等々力観名』がいた。実家の事情で、高校を卒業すると祖父の神社に巫女として就くことが決まっているのだ。なので、観名はすでに人生が詰んだような諦めの気持ちで残り少ない高校生活を送っていた。 　伏見の稲荷社、京の民衆の信頼と欲望に支えられて１３００年が経つ。その間何度となく焼失しているが、民と巫女と修験者と、それに神霊の働きで再びよみがえってきた。 　しかしそこには多くの因縁と怨念がからみつき、１０００年の時を経て強大な怨霊となって２１世紀の伏見稲荷に今襲いかかった。 　奇妙な事情で京都までお使いに出された観名は、美夜子と出会って巨大な『野狐祓い』の神事に巻き込まれる。