フランス海軍医官、ヴィトル・セガランは大清帝国の要請で北京に赴任した。公式には疫病対策への助言であったが、西太后や摂政王から秘かに依頼された秦及び隋の遺跡の探索に従事した。大清帝国の中央部や大日本帝国にまでその足を運んで、始皇帝と煬帝の意図を解明しようと調査に及んだ。彼が解明した秘密は彼の散文や詩に描かれている、と一部の研究者は未だに信じ、研究が進んでいた。

　西暦１５９３年、明帝国は、東瀛による侵略と皇位簒奪とにより煬帝国へと変質し、その侵略と支配はユーラシア全体へと波及した。煬帝国は、支配地域で神邇による渦動結界と寂静をもたらし、呪詛と国術とによって人間たちを抑圧支配した。これに対して、抵抗組織鬼没旅団が、ペルシア、アチェ、ルソン、台湾、樺太、シベリアなど辺境の地で組織された。 　二つの軍は大規模な戦闘を地球規模で展開し、かつ帝国側のアサシンと旅団のエージェントは、様々な地域で死闘を繰り返した。 　旅団の努力によって、煬帝国は一度だけアカバ要塞陥落によって滅び、啓典の主による最後の審判が成就するはずだった。しかし、あらかじめ定められていたはずの黙示録の証人が活躍するべき時期と千年帝国の活動時期とが入れ替わってしまった。それは、人間の勝手な思いによって、アザゼルが黙示録の証人の一人を攫って逃亡する事態となったためだった。 　二十年後には、煬帝国が以前の勢いを復活してしまい、旅団側に立った人間たちは全て捕らえられ、月の大深度地下鉱山に奴隷として送られていった。帝国は、さらに聖杯城を攻め立てて落城させた。これらによって、煬帝国に抗する者たちは壊滅したように見えた。だが、これは啓典の主による謀の初めだった。 　遠く宇宙空間では、煬帝国成立に対する怒りが発せられらかのように、天上のベテルギウスが超新星爆発を起こしていた。５３０年の時を経て、ベテルギウスの火炎と呼ばれるガンマ線バーストが地球を撃ち始めた。ベテルギウスの火炎はその後数か月も続いた。月の煬帝国基地は全滅し、地球の大地は生命を失い、不毛の地となった。地上では、旅団側に立った「のこりの者たち」と煬帝国軍との戦闘はつづき、激しさを増していた。 　数年後には、遅れてきたベテルギウス超新星爆発の準光速衝撃波が地球上のほとんどの海水を吹き飛ばし、地上の様子はすっかり変わった。地上では、残りの者たちによって帝国は追い詰められ、彼らはアザゼルと魑魅魍魎の大軍を召喚。他方、月では壊滅した煬帝国基地の大深度地下で旅団側の人間たちがムハージルーンとして天の大軍を組織した。大軍同士の戦いをへて、地上はアザゼルの支配へと変貌していき、月では地球上に再び「悔い改めの機会」となる『逃れの街』を成立させるために、千年帝国が形成された。 　時は、啓典の主による最後の審判へふたたび動き始めたのだった。

　西暦１５９３年、煬帝国成立に対する怒りが発生られ、天上のベテルギウスが超新星爆発を起こした。５３０年後にベテルギウスの火炎が地球を撃った。ベテルギウスの火炎の後、黙示録の二人の証人(警告者）は千年後の世界へ飛び去り、人類は立ち返りの機会を失った。地球はほとんどの水を失い、大陸は空気の無い不毛の地となり、海底は低地や砂漠平原となった。 　千年後、地上に残った煬帝国はアザゼルの世界へと変貌した。低地には自らを人類と呼ぶようになった五行鬼(水明、土塊、木精、火炎の４族と帝国戦士の金剛族）がすみ、劣弱な先史人類は、深い海溝谷の底に潜むだけだった。他方、月では地球上に再び「悔い改めの機会」となる『逃れの街』を成立させるために、月に残った先史人類によって千年帝国が形成されていた。 　ここに、二人の証人が帰ってきた。男はアザゼルによって記憶をあいまいにされ、拘りの強い罪深い子供ジョナとされ、女はナナという名を与えられ、導き手のレビ・アイアサンとともに彼をフォローし始めた。 　ジョナはカムチャッカの谷に暮らす少年だった。彼は「証人」のうちの一人だった。彼は、育ての母に異質な何かを感じてその許を飛び出し、同年齢の友人たちとともにカムチャッカの谷筋を南へと冒険の旅に出る。ジョナは「証人」のうちの一人だった。その彼らには、つかず離れずに付いてくる者たちがいた。それは、「証人」のもう一人である少女ナナと、付き添う謎の老人レビだった。 　ジョナは成長とともに悪魔とその手先を退ける様々な機器(剣を制御する太極アカバガーネット、アカバガーネットとともに作動して巨大な鎌型の真刀と空刀を形成させるアバチャイトガーネット、水晶玉、詠唱を司る鎌形金具、アラベスクと呼ばれる快速艇、スキンスーツなど)を次々に手にし、活用することを覚えていく。 　彼らは、日本谷の沙流土（サルド）、ボニンの谷の辺留加茂(Pergamo)、マリアナの谷の詛読巫（Sodom）、ヤップの谷の天裂地羅（ティアテラ)　へと進んでいく。その先々で、彼らはジョナの育ての母の正体を知り、詛読巫に潜んでいたベラやビルシャナと戦いを重ねる。 　だが、証人の一人であるはずのジョナは、マリアナの谷で助けたティアテラの王女アンヘルと激しい恋に落ち、道を誤る。更にはアンヘルを死に至らしめてしまったことで、ジョナは自分を見失い、使命を捨て去ってしまう。

西暦１５９３年、明帝国は東瀛による侵略と皇位簒奪とにより煬帝国へと変質。その侵略と支配はユーラシア全体へ波及。煬帝国は、支配地域で神邇による渦動結界と寂静をもたらし、呪詛と国術とによって人間たちを抑圧支配した。これに対して、抵抗組織鬼没旅団が辺境の地で組織された。二つの軍は大規模な戦闘を地球規模で展開し、かつ帝国側工作員のアサシンと旅団側工作員のエージェントもまた世界規模で死闘を繰り返した。 　宣明帝と思来皇后の代となった煬帝国は、デザインベビー世代の部隊によってユーラシア・アフリカまで支配。帝国守護の鳴沢は旅団に対抗して帝国本拠をトランシルバニアに移した。旅団側に立ったコロンビア連邦は、長崎から脱出したカトリックの民、オーギュスタン・ジャクランの孫ジェロニモの情報から、太極に対抗する颪鎌を開発し、ジェロニモの孫ヤザンを帝国支配下の欧州へ派遣した。ヤザンは、レマン湖ほとりのシオン城で倶利伽羅不動に捕らえられていた祖父ジェロニモを救い出すと、ローヌ川の上流の寒村ジャクランの古城に案内された。ヤザンはそこで自らの使命、オバデアの予言に従って預言に言われた二人の証人を探し出し、アカバの地にある帝国の何らかの秘密を探り、アカバにある帝国の秘密を粉砕しなければならないことを悟った。 　ヤザンは欧州からエチオピア高原、アクスムに至った。二人はアキーに会う。彼こそオバデアの予言にある二人の証人、黙示録に言う二人の証人のうちの一人だった。そして旅団が活動を再開した。 　帝国は、欧州で敗北をつづけ、鳴沢は多数の神邇(ジニ)と帝国軍とをジャバル・アッ＝シャイフ秘密要塞へと再集結させた。だが、ここでも帝国軍は少数の陸上部隊だけとなって敗走。鳴沢と宣明帝らはアカバ要塞へと脱出。アカバでは、天の大軍と大魔たちの大軍とが激突。これで啓典の主による最後の審判は終わるはずだった。 　だが終局は来なかった。肝心の証人アキーがすべきことに拒否感を示したり、天の大軍と大魔の大軍との戦いに、傲慢にも人間が加勢したり、人間の自分勝手な思いがミカエルの行為を邪魔したためだった。それが、アザゼルである鳴沢の逃亡を許したのだった。

　膨大な戦力を投入した帝国と旅団の戦いに、勝利者はいなかった。互いに消耗した両者の間には一時的な休戦状態が生じ、そのはざまで秀明と西姫の二人は、寂れた島で人知れず再会した。彼らは愛を確かめ、密かに帝国内の長崎に帰った。だが、再び力を取り戻しつつあった帝国は、長崎のカトリックの民たちを急襲。西姫はおとりとなって秀明とカトリックの民たちの脱出を助けた。秀明は、カトリックの箱舟艦隊を逃亡させ、追ってきた帝国のトラの子である最新鋭艦隊を奪取することに成功した。 　帝国は、陸上戦力をほとんど失っていたものの、それを補うためにアサシンのすべてに太極を携帯させて、霊剣操の使い手とした。さらに大規模な艦隊戦力を用意して、第二次旅団攻略を開始した。帝国の第二次旅団攻略戦が始まると、記憶を書き換えられた西姫は、林正煕の息子、林正煕を夫とし、鳴沢やアサシンらとともに、旅団をケデロンの谷、そして神殿の丘へと追い詰めていった。そのさい、帝国は陸上戦力を喪失したものの、艦隊の上陸強襲部隊がアラビア半島を攻略し始めた。他方、秀明は防衛体制を急ぐ旅団に参加したものの、帝国の圧倒的な戦力の前に旅団は壊滅した。 　旅団の工作員たちを逃がすために、秀明はふたたび西姫と対峙した。西姫は、夫となっていた正煕を秀明に両断された怒りで秀明を襲う。だが、西姫もまた、鳴沢と絶姫の目の前で、秀明に袈裟懸けに切られてしまう。西姫を失って怒り狂った鳴沢は、強大な結界によって秀明と絶姫をモアブの時間断層の中に閉じ込めてしまう。 　６０年後に脱出した秀明と絶姫。しかし、旅団は消え去り、帝国は既にアフリカ・欧州征服を完成させていた。秀明と絶姫は啓典の主の預言によってアキーとタエに名前を変え、帝国を覆しかねない秘密を胸に秘めながら、滅びたはずの旅団と残された啓典の民を探す旅に出た。 　ペトラに達した二人は、ジブチの旅団本拠地と啓典の民たちはほとんどが帝国に征服されたことを知った。同時に聖杯城に向かうべきことを知り、エチオピア高原のシミエンに向かった。だが、聖杯城と言われたところはすでに落城していた。そこで二人は煬帝国の中枢である鳴沢たちがトランシルバニアに本拠を構えていること、そして旅団の隠された中枢アクスムを知った。アクスムに至った二人は、老ジャクランと再会した。死期にあったジャクランは、二人に未来を託して天に召されていった。

　宇喜多秀明。彼は脳まで筋肉でできているような高校生。それでも地区一番の進学校の一年生だ。彼にとって、進学は苦しみの元凶。特に、古典の先生の声は、彼にとって呪詛もしくは呪いだった。 　ある日、呪文のような古文を覚えることになったところから、彼の高校生活は脱線していく・・・脱線の先に聞かされたのは、彼が生活している煬帝国を取り巻く危機だった。 　煬帝国では、民たちが幸せに暮らしているはずだった。彼らは、たとえ死んでもふたたび帝国の中で生まれ変わる。それが輪廻転生の力であり、その力は、帝国中の要となる人間たちや神邇（じに）たち、そして太極と呼ばれるデバイスが発動させている渦動結界（タブラカス）によってもたらされていた。 　帝国は、渦動結界を守ることでユーラシアの民たちに輪廻転生を約束していた。他方で、その結界の破壊を図ろうとする謎のテロ組織「鬼没旅団」の工作員(エージェント)たちが、帝国内部と周辺に出没し始めていた。 　帝国は、工作員(エージェント)に対抗するため、レッドカトリックとともに国術院を創設してアサシンを育て、その脅威に対抗した。 　秀明はその国術院に転入することになった。そこには、彼と同じように転入してきた女子生徒がいた。それは権西姫。やがて、二人はアサシン候補生たちの中でも、とびぬけた異能を有していることが明らかになる。 　そんな時、フィールドワーク中の事故をきっかけに二人は辺境に流れ着く。そこで二人は心を通わせ、一人娘を得た。だが、秀明が研修への復帰を急いだことがきっかけで、家族は帝国と鬼没旅団とに分かれてしまう。 　 　家族の間の愛と敵意。帝国側と旅団側という相容れぬ二つの陣営が、他方を完全にせん滅するまで続く戦い。その戦いの中で、彼ら家族、また彼らを取り巻くアサシン、神邇(ジニ)、工作員たちは、それぞれの定められた道へと進んでいく。 　そして、ついに、決戦の場で家族たちは互いに相手が誰であるかを知らずに対峙しあう。

中国が隋にとって統一されようとされている時、大和の大王家に一人の王が生まれた。その名は厩戸王、即ち聖徳太子である。 彼は南中国・陳の高僧である南嶽大師・慧思の転生であった。天界より祝福されて生まれてきた厩戸王であるが、産まれた瞬間から世俗の政治に巻き込まれることとなる。 ※極力史実に反しないように書いていますが、聖徳太子が慧思の転生であるという伝説を始め、スピリチュアル要素のある伝承についても作中に取り入れています。 ※「九州王朝説」「十二年後差説」「多元王朝説」を採用しています。