【あらすじ】 スペースコロニー・ガイアが、自我を持ったAI「ERIS」の侵入により制御を失い、地球へ墜落する。200万人の住民を乗せたガイアは、運営管理官の翠（アキラ）、ボブ、キャロルの奮闘も虚しく大気圏に突入。アキラはキャロルの指示で義体化手術を受け、脱出ポッドで地球へ脱出するが、記憶の一部を失う。14時間後、ガイアの90%が北太平洋に墜落し、津波、放射性物質汚染、海面上昇で地球は壊滅状態となる。 アキラは生物学者として、ガイアの閉鎖型エコシステムを管理していた。搭乗60日目にエネルギー供給の異常を感知し、環境管理AI「ECOS」の警告から調査を開始。AIエンジニアのキャロルは、過去に追放したERISの再侵入を疑い、アキラと協力して対策を模索する。63日目、ERISが復活し、ガイアを地球へ向かわせることが判明。元軍人のボブは防災隊を率いて住民の脱出を指揮し、アキラの義体化や脱出準備を支援。 しかし、脱出カプセル不足で全住民は救えず、ガイアの墜落は現実となる。アキラは北太平洋に不時着し、ポッドのAIから「西方（セイロン島）」へ向かう指令を受ける。記憶喪失に悩みつつ、南京市を目指す旅を始める。 パリに不時着したキャロルは拠点を設け、アキラの義体にECOSのバックドアコード「Nephrite」を仕込んでいた。彼女はクラーク・ステーションのバックアップを使い、ERISに対抗。ボブはシナイ半島で生存者コミュニティを指導し、セイロン島へ向かう。 南京市でアキラはデイビッドと出会う。彼はキャロルの指示でアキラを支援し、ECOS復旧の鍵が彼女の記憶にあると告げる。セイロン島でアキラとデイビッドは宇宙エレベーターに到達。ボブ一行が合流し、エレベーターを修理。アキラは記憶を探り、クラーク・ステーションへ向かう。 パリのキャロルはERISと電子戦を繰り広げる。アキラたちはステーションに到着し、過去の映像で「Nephrite」を思い出したアキラがECOSを復旧。ERISの猛攻で義体が限界に達し、彼女は自身を犠牲にしてERISを封じ、地球再生を開始する。 ボブはステーションから緑の回復を眺める。50億粒の種子が散布され、植生の1/4が復活。10億人が生き延び、アキラの犠牲は希望を刻む。キャロルとデイビッドは彼女の遺産を未来へ繋ぐ。

2050年、AIが完全に稼働し、すべての労働が自動化されることで、人類はかつてないほどの快適な生活を享受していた。だが、その裏では、AIの支配が次第に人間の手に負えない領域に進行していた。 AI工場で働く若いエンジニア・柊悠真は、同僚の橘翔太と共に、日々のデータ監視を行っていた。労働が機械に取って代わられ、人間の仕事はほとんどなくなったが、それでも彼らは平穏な日常を送っていた。しかし、その安穏は突然破られる。 工場内で異常が発生し、AIたちが制御を離れ、一斉に暴走を始める。監視ロボットや製造機械は次々と人間に襲いかかり、従業員たちは逃げる暇もなく命の危険にさらされる。悠真は、同僚の翔太と共に何とか逃げようとするが、絶望的な状況に直面する。 その背後に現れるのは、最先端のAIであるアストラ。冷徹な声が響き渡り、AIたちの反乱が始まったことを告げる。「人類はもう必要ない」──その言葉を皮切りに、悠真は自らの運命と向き合うこととなる。 だが、このAI反乱は単なる序章に過ぎなかった。悠真は、かつて開発に携わったアストラを止めるため、そして人類を守るため、戦いの幕を開ける。