オランダ船の下っ端乗組員ハンスは、ドクトルシーボルトの命を受け硫黄島へお使いに行く。 本来、出島のオランダ人は、島から出るのは御法度だ。もしも掟破りがばれれば〝サムライに斬られる〟とハンスは怯える。 約束の七日間の間に、平佐田たる人物から、海底の皇子についての情報を貰って戻るというのがハンスに課せられた仕事である。お礼にドクトルはオランダに帰った折には、ハンスの病の母を診てくれると約束した。優秀な医者であるシーボルトに診てもらえればきっと、母ちゃんの病はなおると仕事を引き受けたハンスだが、ドクトルが言うように簡単にはいかない。おかしな子供に懐かれたハンスは、ドクトルとの約束を果たせずに迎えの舟に乗る。 一方、異国人ハンスを〝居王様〟と信じた智次は、ハンスにくっついて出島へと渡った。困ったのはシーボルトである。 内々に硫黄島へハンスを出しただけでも大事であるのに、島の子供まで連れてきてしまったのである。 ところがこの子供が、海底の皇子の話を知っていると知り、シーボルトは大いに興味を覚える。 神様に召されたと覚悟を決めた平佐田は御館家で目を覚ました。琉球国の密偵、那医とともに、神隠しの犯人捕獲に協力することになる。

山川薬園の薬園師見習い、平佐田玄海はある日、幼馴染にして薬園師の田崎に大殿からの密命を申し渡される。 へなちょこで、何の取り柄もなく、間違っても大殿から密命など受けるはずもない平佐田は、何が何やらだ。 それでも、興味のある〝質問本草〟の餌に釣られ、また、大殿の命とあらば、断るもままならない平佐田は、薩摩の領地、硫黄島へと宝探しに出向く。お宝が何かも知らされぬままに。 島に渡った平佐田は、島の不思議な雰囲気に呑まれる。 神のいる島ーー最初に出会った漁師の子供が言ったとおり、荘厳な雰囲気を持った島で、平佐田は少しずつ島の不思議に触れていく。

平佐田が島を去って五年、神隠し騒ぎも落ち着き、島は平穏を取り戻していた。 神隠しの時子とともに現れた二人の子供も、島の子に交じって道場に通っている。 安仁と言徳ー出自不明の二人の子供を、神隠しの子と、気味悪く思う者もいる。 御館様はこのたび、御館家の氏神様とも言える黒御子様が、島神様に拝謁する祭りを計画した。島人から印象の悪い黒御子様を、子供の神様として島神様に格上げする祭りである。 島野子供たちの中から、島男七人衆と呼ばれる子供が選ばれ、祭りを盛り上げる。その中には、謎の子供、安仁も含まれる。 攫われた平佐田の子供の行方、お館様の計画、那医の苦悶……神様は全てお見通しです。

帰国のため、荷を纏めていたシーボルトは、勢い込んできた敬作に従って、出島へと急いだ。 ハンスはとんでもない土産を、持ち帰ってきた。 しかし、その土産は帰国間近のシーボルトにとって、有難い土産だった。

オランダ商船の船乗り、ハンスは病の母の薬代を稼ぐため、日本行きの船のクルーとなった孝行者だ。 十六になったハンスだが、祝ってくれる者はいない。ふて腐れ気味に荷の片付けをするハンスを上司が呼びに来る。 商館長の部屋に呼ばれたハンスは、商館医シーボルトから、硫黄島へ行き、平佐田という男から、報告書を受け取ってくるように言い付かる。 こっそりと島に上がったハンスは、慣れない山に潜み、平佐田との接触を試みるが、人の気配に身を隠し、また白い靄に阻まれてなかなか上手くいかない。出島の異国人は、出島からでることは許されない。もしもハンスがみつかれば、たたでは済まされない。慎重に山を下りるハンスは、島の子供に見つかって追いかけられる。 迎えの日が近づいたハンスは、焦って山を下りた。運良く平佐田の滞在先に辿り着いたハンスだが、つい、疲れが出て寝入ってしまった。気付いたら日は暮れていて、慌てたハンスが木陰から飛び出し、いつぞやの子供にまた、追いかけられる。浜辺で待っていた迎えの船に乗り、やれやれと息を吐いたハンスは、知らぬ間にくっついてきた子供に仰天する。

連日の捜索も虚しく、智次の行方はわからない。異例の神隠しに、苛立つ島人は、怒りの矛先を道場の先生に向ける。余所者の平佐田に、智次捜索の許可はでず、為す術もなく、平佐田自身も苛立ちを隠せない。 先生と島人の間にいざこざが勃発し、さらに、本土から撤退命令がでた。 智次が消えた前日に、聖域に智次の姿を見たという情報をもとに、平佐田は本土へ戻る前にと、聖域へと向う。案内役をした滋子から胸の内を聞かされた平佐田だが、平佐田にはどうにもできないことばかり。 聖域に辿り着いた平佐田は、そこで子供姿を見かけて後を追う。

弔いに行った平佐田は再び、御館様に出くわす。滋子は、御館様から姿を隠そうとして、平佐田の前にしゃがみ込んだ。子供らの話から、滋子は御館様の許婚だと知って平佐田は気落ちする。 ところが、滋子には御館家へと嫁ぐ気持ちはなく、医者の助手になるため、平佐田に薬草の教授を依頼する。 急に道場が始まることになり、平佐田は島の役人、吉野から、守女について教えられる。

重定の家で会った取次様、宗爺から教えられた夕刻の隠れん坊。 島での不思議に翻弄される平佐田に、二人の子供の子供の死が、突き付けられる。 今度は葬儀となった島の大事に、平佐田は智次、時頼と共に出向く。 平佐田の知る葬儀と、さほど変らぬ儀式に参加した平佐田だが、そこにはやはり、島の有力者、お館様の存在がある。 平佐田はそこで、滋子と、お館様との関係を知る。

島の医者、宗爺は、自身の経験した島の神隠しを語る。平佐田は、島神様と、黒御子様の存在を知る。

重定家からひとり、荷車を引いた平佐田は、坂を駆け上がってきた滋子に手を引かれる。驚いたあまり、坂を転げ落ちた平佐田はまたまた腰を痛める。滋子の頼みを断った平佐田に、島の医者が声を掛ける。

智頼に従って、重定の通夜に出向いた平佐田だが、どうにも雰囲気が平佐田の知る通夜とは違う。涙のない島人は、手に手に供え物を持って、集っている。 客に挨拶をする家人の他に、この場を取り仕切っているらしい取次様は、異様な雰囲気を纏っていた。

お内儀の誤解も解け、子供たちの機嫌も直ってやれやれの平佐田は、一向に引かない白に足止めを喰らう。誰もが立ちこめる白に表に出られないのだが、島人は慣れた様子で文句一つない。 謝りに来たお内儀の言葉から、平佐田は智次を怒らせた原因に思い至る。 報告書を綴る平佐田は、持病の腰痛騒ぎだし、早々に床に就く。ふと、島に着いた日、頬を叩かれた滋子を思い出す。 かやせもどせの鉦の音を聞きながら、平佐田は子供たちの思いを知る。 深夜、ふいに起き上がった智次は、平佐田に島神様の話を語る。 寝過ごした平佐田は、主の智頼から、かやせもどせの打ち切りをしらされる。

島の生活が始まった平佐田は、密命の遂行ため、島を歩き回る。 だが、特に収穫はなく、島人に幾度となく誘われる歓迎会に、日々辟易とするばかりだ。 島を歩き回った平佐田は、間借りする智次の家へ戻ると、常にある人の気配がない。不審に思った平佐田に、突然、態度を変えた智次は尋常ではない。 訳がわからぬまま、島中が真っ白な闇に包まれ、平佐田は忘れ去った郷の神隠しを夢に見る。馴染みの子供、重定の行方不明を知り、神隠しに思い至った。

失恋の傷が癒えない庄助を、素間は自身の尻ぬぐいのために、引っ立てる。しののめの主様は熊、夕刻の主様は菩薩だと素間は言う。朝、夕で御霊が変るということだ。 拝田の童を救った美月だが、美月の狙いは庄助の命だった。美月は、昭暝を使って、庄助暗殺を企んだのである。 殺生の禁忌を企んだとなれば、美月には罪がある。美月は素間がお気に入りだ。尻ぬぐいは美月にして貰えと、庄助は突っぱねる。 美月は素間の弟だと素間は言い、自分たちの本性は、霊狐だという。 二匹の狐は、朝熊岳の主様に可愛がられ、僕となって暮らしていたが、兄狐の素間は、ひょんなことから娘に憑いてしまい、結果、野間家の子息に産まれてしまったのだという。 与太話だと、聞き捨てた庄助だが、素間の乳母、お舟の裏付けに、信じざるを得なくなる。 庄助は神の子だと、語る素間に、庄助は自身の父親の正体を知る。 再び、主様の御前に出た庄助は、以前と違って穏やかな様にほっとする。素間は都合良く話を作り替え、全ては大神様の思し召しだと、胸を張る。 上手く話を纏めた素間は最後に、霊薬を賜りたいと申し立てる。主様は、鼻をほじって霊薬を下賜した。

庄助が、生きていたと知った安五郎は、誠二郎の裏切りを知る。 本気の誠二郎は、安五郎に攻撃をしかける。 玉助と、付け髷弥平と共に、安五郎の攻撃を躱すばかりの庄助には、戦う得物がない。 間一髪のところを、玉助に救われ、何とか難を逃れた庄助は、闇に飛びこんだ安五郎に安堵する。 童も美月も無事であると知った庄助は、誠二郎を促して拝田村へ戻ろうとするが、髷を切られた弥平は、怒りが収まらず、庄助の口を借りて敵討ちを主張する。誠二郎は、それを庄助の言葉と受け止め、共に安五郎の後を追う。 竹取の金太郎という、特別な技を持つ安五郎は、滅法強い。庄助が手にした山刀は、簡単に折れてしまう。応戦する誠二郎に、逃げるだけの庄助は安五郎に押されがちだ。 素間の進言によって、間の山の芸人らしく戦った庄助は、安五郎に一矢報いた。逃げていく安五郎を誠二郎が追う。 一連の様子を、昭暝が覗っていることを知った庄助と素間は、朝熊岳のご神木へと、昭暝をおびき出す。昭暝は主様に喰われる。 一件落着を祝って、庄助は古市の備前屋へ招かれる。拝田村の面々、金剛證寺の和尚と三八、誠二郎を招いた宴は、神凪さんの主催だ。神宮の祭主ですらも一目を置く神凪さんは、伊勢の影の実力者と言われる。誰もその正体を知らないと言われる神凪さんは、素間だった。宴たけなわの中、庄助は、想いを寄せる美月が男だったと知って、衝撃を受ける。

誠二郎に縛り上げられた庄助だが、安五郎は、誠二郎と示し合わせたようではない。安五郎は、誠二郎に探りを入れるような口ぶりだ。 庄助は、二人の会話の中に、誠二郎の素性を知る。誠二郎は拝田の神隠しに加わっていた。その子供らが消えたと誠二郎は言い、何としても子供らを取り戻したいと言う。 あんたとの相方仕事は終わった、そんな話は昭暝に聞けと、安五郎は言う。何度出向いても昭暝には会えない。だから、あんたに頼みに来たのだという誠二郎に、着いてこいと安五郎は言って、庄助の脇に積まれた座布団に火を放った。 もうだめだと諦めかけた庄助に、玉助が助けに来る。庄助は、玉助のまだら技によって、朝熊山に辿り着く。 不意な攻撃によって、玉助が倒れ、庄助は必死に安五郎の攻撃を避ける。だが、安五郎は手練れだ。間一髪のところを、何者かが襟首を掴んで引っ張り上げた。死んだはずの素間が生きていた事実に、庄助は涙を流す。 　死んだと思った玉助から、昭暝は誠二郎を殺るつもりだと知る。素間の調べに拠れば、昭暝は伊賀者であり、伊賀の後継者不足に、神隠しを企んだのだ。誠二郎の相方のふりをして、神隠しの童をそのまま横取りするつもりだ。 こんどは、木隠れの術で身を隠した素間と庄助は、安五郎と、誠二郎のやりとりを盗み聞く。誠二郎は、国元の若君のため、拝田の童に代理水垢離をする予定で、童らを集めたのであった。もちろん、水垢離が済めば村に返すつもりだ。そして、昭暝は朝熊山に探し物があり、それは素間と関わり深いものだと知る。 童の居所は知っている、取引をしようと誠二郎に持ちかける安五郎に、誠二郎は断ると言い放つ。

素間を失った庄助は、気力を失ったまま興行に出る。 火事で死んだはずの庄助が、生きていたと間の山は大騒ぎとなる。庄助の無事を喜んだ松右衛門から、大杉の主が、庄助の葬儀を出すと、騒いだ事件を知らされる。前代未聞の大騒ぎを訝った松右衛門は、庄助の父親は、幸福家の四男ではないかと告げる。 小屋を失った庄助は、太兵の使っていた小屋へと足を向ける。村の巫女、美月の手で浄化された小屋で、素間、太兵を偲び、美月を想う。 御座へ戻るようにと、庄助を迎えに来たおこうは、太兵が使っていた小屋の一帯に残る、鬼子母神、お花の怪談で庄助を怯えさせる。怖がる庄助だが、あれはただの噂話だと、自らに言い聞かせる。 眠れない庄助は、筵を捲って小屋に入ってきた影に悲鳴を上げる。影は庄助の悲鳴に驚いて出て行くが、天井からぶら下がった髪に、庄助は肝を潰す。 美月との関係は許さないと、騒ぎ立てながら、母は庄助に迫る。 男の精を吸い尽くす鬼子母神お花と、庄助の精を求める母は、庄助には、どっちもどっちの化け物にみえる。 呼び出しのかかった母に従って、庄助は、村の集会場に出かける。呼び出しは、村の大事に、主たる村人を集め、主様のご意向を覗う集会だ。 各々に色の混ざり合った衣に身を包み、面を被った集会に、初めて参加する庄助は目を見張る。庄助は、玉家の中に美月の姿を探すが、美月はいない。気落ちする庄助をよそに、母は玉家のおこんと、言い合いを始める。剣呑な雰囲気の中、村長は、美月が神隠しにあった、明日から、間の山は物忌みに入ると告げる。 太兵、素間に続き、美月までをも失っては、生きていけんと、庄助は村を出る。とにかくにもまず、件の仲間を当ろうと、浦口大夫の邸を見張る。ところが、浦口大夫は極悪人で、素性がばれて夜逃げをした後だった。庄助にそれを告げた印地打ち誠二郎は、共に浦口邸に忍び込もうと誘う。 誠二郎は信用ならんと思う庄助だが、忍び込んだ邸で血の跡を前に、おそらくは殺された、浦口邸の手代、駒次郎に手を合わせる誠二郎の姿に、気を許し始める。誠二郎は、駒次郎の女から頼まれて、駒次郎の無実を証明する品を探しに来たのだという。 自分は悪党ではないと、庄助に訴える誠二郎の話に、耳を傾ける庄助は、近寄る気配に気を取られた隙に、誠二郎に刃物を突きつけられる。

弥平（庄助）のつれだと名乗った玉助と共に、件の医者のいる、橋谷家の隠居邸へと向った庄助は、そこで素間の知人、松阪の春庵に会う。春庵から、件の医者の正体を聞き、また、その男はもう、松阪へ移ったと知らされる。 村に戻った庄助は、母と待っていた素間に、春庵先生から聞いた話をすれば、素間は既に医者の正体を知っていた。間違いで殺された太兵はどうやら、式部の連絡役と思われ、始末されたらしい。 天皇家と将軍家の対立、そこに関わる間諜と、素間の話は剣呑だ。 その昔、天皇家には、八瀬童子という間諜がいたと、語る素間に、突然、つけ髷が庄助の口を借りてしゃべり出した。 死人の付け髷、弥平は八瀬の村人だった。牛谷の童を、八瀬の村はどうするつもりだと、尋ねる素間に、弥平は、八瀬村の事情を語る。 弥平の死の原因を聞いた庄助たちは、庄助を襲った総髪の男の関わりを思い描く。 庄助を救った付け髪おすずは、付け髷弥平と許婚だった。 間の山に神さんの子が宿る。 意味不明の言葉を囁いた素間からは、血の気が失せ、庄助の腕の中で瞼を閉じた。

素間の命を受けた庄助は、伊勢の鬼門を守る、金剛證寺を訪れる。三八は金剛證寺の坊主だ。三つで八つを知る三八は、素間が頼みとする手先の一人でもある。 三八から、太兵が会っていた相手の居所を聞いた庄助は、和尚の付け髪を預かって寺を出る。山門を出た庄助は、付け髪のおかげで階段を滑り落ちる。 腰をやられた庄助は、乞食興行に出るが、降り出した雨にひとり取り残される。 猫のお玉と戻った小屋で、庄助は付け髪様に酒を供える。庄助が、山門の階段から転げ落ちた原因は、付け髪に絡まっていた針にあると理解したからだ。遊女の髪でできた付け髪は、庄助を守ってくれたらしい。 勘違いで、庄助の小屋に乗り込んできた母から、美代の神隠しを知る。拝田の若衆として、捜索に加わりたいが、体重く起き上がれない庄助は苛立ちを感じる。 そこに現れたは、愛しい美月で、庄助は美月に手を引かれて小屋を出る。 いよいよ美月と、と心躍る庄助は、いきなり襲いかかった狐に捕まった。 乳母のおねう、おこうに白装束を着せられた庄助は、付け髷を付けられて御師邸に向う羽目となる。

太兵が死んだ――。知らせを受けて向った勢田川のほとりには、衣も纏わぬ太兵の骸がうち捨てられていた。民人にとって、穢人は犬猫と同じ。無残な刀傷も露わに、驚愕に目を見開いた姿は、庄助の哀しみを煽った。 自らを責め、哀しみにくれる庄助に、素間は珍しく労りの態度を示す。 太兵は勘違いで殺された――。素間は謎の言葉を残したまま、野辺送りの場から姿を消した。深夜の御師邸に忍び込み、件の仲間の様子を確かめようと腰を上げた庄助は、朝熊岳の小坊主の元へ行けという素間からのメッセージを受ける。