戦いの女神アテナの元、海王ポセイドン、冥王ハーデスらと激闘を繰り広げたアテナの聖闘士、星矢たち。激しく長い戦いの末に、地上は平和を取り戻した。だが失うものの方が大きかった。 女神アテナを最も近くで護り支えた男、ペガサス星矢はハーデスとの戦いの最終局面で、ドラゴン紫龍、キグナス氷河、アンドロメダ瞬、フェニックス一輝と共にハーデスを撃ち倒すが、その際にハーデスの剣、インビジブルソードの一撃を心臓に受けてしまう。 それはハーデス消滅後も消えることの無い剣で、徐々に星矢の心臓に達し、確実に命を奪う剣だった。星矢の身を案じたアテナ城戸沙織は、ハーデスの剣を消してもらうため、兄である太陽神アポロンの元を訪れる。アポロンに対し、星矢に刺さったハーデスの剣を消して欲しいと乞うが、アポロンはアテナのこれまでの戦いを快く思っておらず、ハーデスの剣を消す代わりにある条件を突き付ける。それは、アテナを神から降格させ、神の記憶を消し一人の人間として生涯を生きることと、星矢、紫龍、氷河、瞬、一輝の5人の聖闘士としての記憶と能力全てを消し、普通の人間に戻すというものだった。 城戸沙織は、少しの間ためらうものの、皆が生きて過ごせるならとその条件を飲む。そうして、女神アテナと、5人の聖闘士たちは、地球上の記憶から消えることとなった。 新たな物語は、この後から始まる。

太陽暦５５５年 １２月２４日 ２３時５９分。 世界は突如として秩序を乱す。 太陽神アポロンを崇拝する王国、サンフレア王国は、混沌の闇へと支配され、サンフレアは闇の世界の一国となってしまった。 それから、５年後。 世界は、混沌の闇に支配された３国と支配されていない連合４国に二分される。 連合４国は、混沌の闇への対抗として、冒険者制度を制定した。 果たして、この世界は、光か闇、どちらの運命に導かれていくのだろうか……

飛神老人の死で警察は飛神重徳を指名手配。大山勝之を参考人として事情聴収する。その中で松本悦子を大山家に引き合わせたのは飛神重徳である事。彼女とその夫を殺したのも彼である事を告白する。 　松本満と飛神雪絵は飛神重徳の追求を恐れて、天源教の庇護の下豊橋に移る。 豊橋への車中、松本は雪絵の父親から天照大神＝卑弥呼と教えられる。そして古代日本にはギリシャ系の人々が移り住んでいたと教えられる。例えば与那国島はパーリ語でギリシャの事だと言われる。よって天照大神＝卑弥呼が金髪で青い眼の女と知る。 　そして豊橋への途中で休憩した茶屋で、鮫島教祖からパンドラ＝卑弥呼＝天照大神と教えられる。 　豊橋で松本と雪絵は２年間を過ごす。この間雪絵に憑依した霊から鮫島教祖に２年後に位山に帰ることを伝える。 　この２年間で鮫島教祖は位山の地下神殿に入るためのヒヒイロイカネの鏡を見つける。そのためには飛神家の古文書を持っていた飛神重徳を匿っていた。 　２年後、位山の地底に入ることになる。この時、天源教豊橋支部の横山は鮫島教祖の邪悪な野望と飛神重徳を匿っていた事を警察に通報しようとして殺される。そして飛神重徳も鮫島教祖によって殺される。 　位山の地底に入るのは鮫島教祖、秘書の末次、２人のボデイガード、そして飛神雪絵、松本満である。 長い石段を降りて地下神殿に入る。その後”ひ”の神殿＝パンドラの箱に到着する。この中に入った鮫島教祖、２人のボデイガード、末次は苦悶内に死亡する。 　松本と雪絵がパンドラの箱に入る。その中は神霊界の世界であった。２人の肉体は消える。２人は１つの霊体となる。そして神霊界の秘密とは、２人の役目とは・・・。