50年前、突然、世界各地で死体が黄泉がえり人々を襲い始めた。 　ヨモツが世界中に広がるのに、そう長い時間はかからなかった。 　たった数年で世界はヨモツに蹂躙され、かろうじて生き残った人々はヨモツに怯え、見つからないように息をひそめて、恐怖の中、隠れて暮らしていた。 　そんな中、ヨモツを滅ぼす神の光・神光（テラ）が日本で発見された。 　神光（テラ）は日本に住むスメラギ家が代々祀っていた古き神・オオヒルメの光といわれ、その光を浴びせると、ヨモツは黒く煤化し滅んでいった。 　スメラギ家の当主だったホノ・ニニギは、集まった人々の叡智を結集し、ヨモツを殲滅するための人型兵器・神衣（カムイ）を創った。 　神衣（カムイ）には操縦を制御するため、御霊（ミタマ）と呼ばれる女性型AIが搭載されていた。 　ヨモツを駆逐したホノ・ニニギたちは、神光（テラ）で周囲を照らしヨモツを寄せ付けないオオヒルメの塔を創り、塔を中心とした国家ヤマトを建国した。 　建国から20年、安寧の地を手に入れたかに思えた人類に、新たな脅威が近づきつつあった。 　これは、記憶を失いながら神衣（カムイ）の操縦士・神衣主（カムイムチ）になろうとする少年・ナムチと、彼と共に戦う少年、少女たちと、御霊（ミタマ）の少女たちの物語である。

飛神老人の死で警察は飛神重徳を指名手配。大山勝之を参考人として事情聴収する。その中で松本悦子を大山家に引き合わせたのは飛神重徳である事。彼女とその夫を殺したのも彼である事を告白する。 　松本満と飛神雪絵は飛神重徳の追求を恐れて、天源教の庇護の下豊橋に移る。 豊橋への車中、松本は雪絵の父親から天照大神＝卑弥呼と教えられる。そして古代日本にはギリシャ系の人々が移り住んでいたと教えられる。例えば与那国島はパーリ語でギリシャの事だと言われる。よって天照大神＝卑弥呼が金髪で青い眼の女と知る。 　そして豊橋への途中で休憩した茶屋で、鮫島教祖からパンドラ＝卑弥呼＝天照大神と教えられる。 　豊橋で松本と雪絵は２年間を過ごす。この間雪絵に憑依した霊から鮫島教祖に２年後に位山に帰ることを伝える。 　この２年間で鮫島教祖は位山の地下神殿に入るためのヒヒイロイカネの鏡を見つける。そのためには飛神家の古文書を持っていた飛神重徳を匿っていた。 　２年後、位山の地底に入ることになる。この時、天源教豊橋支部の横山は鮫島教祖の邪悪な野望と飛神重徳を匿っていた事を警察に通報しようとして殺される。そして飛神重徳も鮫島教祖によって殺される。 　位山の地底に入るのは鮫島教祖、秘書の末次、２人のボデイガード、そして飛神雪絵、松本満である。 長い石段を降りて地下神殿に入る。その後”ひ”の神殿＝パンドラの箱に到着する。この中に入った鮫島教祖、２人のボデイガード、末次は苦悶内に死亡する。 　松本と雪絵がパンドラの箱に入る。その中は神霊界の世界であった。２人の肉体は消える。２人は１つの霊体となる。そして神霊界の秘密とは、２人の役目とは・・・。